As suas raízes datam de Abril de 1964, na sequência da grande movimentação estudantil que se seguiu a 1962. Inicialmente, denominava-se Associação Académica da Faculdade de Economia do Porto, prevendo os seus estatutos, como hoje, três diferentes órgãos: Direcção, Conselho Fiscal e Mesa da Reunião Geral de Alunos. Em 24 de Abril de 1979, a Associação de Estudantes da Faculdade de Economia do Porto (AEFEP) foi constituída notarialmente num cartório em Espinho como quase todas as Associações estudantis, só depois de 25 de Abril de 1974 é que a actividade da Associação de Estudantes se alargou. Deixou de prestar apenas serviços de reprografia, passando a intervir activamente noutras áreas mais relevantes.

Durante os primeiros anos pós-revolução, a vida associativa foi essencialmente dominada por querelas de índole político partidária, dado que o poder associativo era disputado por diversas organizações políticas de juventude; isto implicou que a vida associativa fosse um pouco o reflexo dos objectivos da organização partidária que detinha o poder.

Só em períodos de grande contestação interna, essencialmente devido a problemas de carácter pedagógico, tendo por base o elevado número de reprovações e o baixo nível médio das notas é que se conseguiu gerar um sentimento de unidade estudantil, que culminou com greves maciças em 1980 e 1982. Só a partir de 1984, as Direcções remeteram as correntes ideológicas para um papel secundário, devido essencialmente ao descrédito em que caíram as organizações partidárias.

Iniciou-se uma era de crescente empenho por parte das várias Direcções na tentativa de resolução dos problemas pedagógico científicos, na melhoria da prestação de serviços aos estudantes e em incentivar as áreas culturais e desportivas. Nomeadamente, em finais de 1993, verificou-se a aprovação de um novo regulamento de avaliação de conhecimentos por parte do Conselho Pedagógico, o que veio originar numa fortíssima contestação a esse regulamento. O ponto alto desta contestação foi a realização de uma greve, na qual culminou com uma adesão significativa por parte dos alunos. A greve foi a prova, a AEFEP poderia ter um papel mais activo na Faculdade, representando de forma convicta os interesses dos alunos em geral.

Actualmente, a AEFEP aposta num reforço do seu papel no seio da Faculdade e do meio universitário em geral, tendo sempre presente os interesses dos estudantes. Recentemente, tendo em conta esses objectivos, procurou-se uma clara melhoria dos serviços prestados (desde de serviços de reprografia e editorial ao serviço de bar) e um papel mais activo na discussão de problemas estruturais que afectam a qualidade do ensino superior público.